Игра является продолжением игры Shinobi вышедший в 1987 году. Игра является первой игрой серии для SMD. Действия игры происходят спустя три года после первой игры. Преступная организация Zeed переименовавшая себя в "Нео Zeed" решают отомстить клану Oboro Ninja (Oboro Ninja clan) и Joe Musashi. Они убивают лидера клана и похищают невесту Джо - Naoko. Джо возвращается слишком поздно и узнаёт от умирающего мастера о заговоре Нео Zeed. Джо решает, во что бы это не стало отомстить Нео Zeed, а так же попытаться спасти свою невесту пока не поздно.

---

Game is the first game of a series for SMD. Actions of game occur three years later after the first game. The criminal organization Zeed renamed in "Neo Zeed" decide to revenge a Oboro Ninja clan and Joe Musashi. They kill the leader of a clan and kidnap Joe's bride - Naoko. Joe comes back too late and learns from the dying master about plot of Neo Zeed.